一連の問題を巡っては、機長と副機長が実際の飲酒量より少なく偽り、会社への報告で口裏合わせしていたことが国交省の立ち入り検査で判明。日航上層部も事案を把握しながら、国への報告対象ではないと判断し、報告が遅れたことも明らかになった。